Krzyżanowski służył początkowo - w stopniu sierżanta - w czwartym pułku Legii Nadwiślańskiej, formacji utworzonej po części z Legionów Dąbrowskiego, a po części z jazdy tzw. Legii Naddunajskiej. Komendę nad Legią Nadwiślańską objął najpierw Józef Joachim Grabiński - generał wojsk polskich, francuskich i włoskich (w 1809 roku objął w Bolonii dowództwo nad włoskimi wojskami powstańczymi), a po nim - generał Józef Grzegorz Chłopicki - późniejszy dyktator Powstania Listopadowego.
Legia Nadwiślańska była formalnie jednostką polską, ale faktycznie rządził nią Napoloeon, który już w 1808 roku skierował Legię do Hiszpanii. Seweryn Krzyżanowski też walczył z Hiszpanami - pod Saragossą, pod Epilą, pod Tudelą. Został wtedy dwukrotnie ciężko ranny, za co otrzymał nie tylko odznaczenie, ale i awans do szarży oficerskiej (oficer bez stopnia). Potem występował w roli kuriera u boku księcia Józefa Poniatowskiego. Właśnie w tej roli odznaczył się wyjątkowo w 1811 roku, za co sam książę Józef wręczył mu Złoty Krzyż Orderu Virtuti Militari - do dziś najwyższe polskie odznaczenie, przyznawane tylko za szczególne zasługi na polu walki.
W 1812 roku, w czasie wyprawy Napoleona na Moskwę, Legia Nadwiślańska, w której szeregach Seweryn Krzyżanowski znowu walczył, biła się pod Smoleńskiem, pod Woronowem, pod Krasnem. Po kolejnych walkach było w niej coraz mniej żołnierzy, aż w końcu został tylko jeden pułk.
Właśnie w tym pułku służył do końca armii napoleońskiej kapitan Seweryn Krzyżanowski, a kiedy zaczęto tworzyć siły zbrojne tzw. Królestwa Polskiego - objął w 1815 roku dowództwo jednego ze szwadronów w pułku strzelców konnych, aby w 10 lat później sprawować już komendę nad całym tym pułkiem.
W życiu prywatnym Seweryn Krzyżanowski był samotnikiem. Był przystojny i stosunkowo młody, ale się nie ożenił. Tylko przez cały rok 1821 krążyły pasjonujące plotki o wielkim romansie podpułkownika Seweryna Krzyżanowskiego i pięknej Konstancji Łubieńskiej, żony generała Tomasza Andrzeja Adama Łubieńskiego, od 1820 roku posła na sejm Królestwa Polskiego, w czasie Powstania Listopadowego szefa sztabu głównego armii powstańczej. Takie były plotki, bo jak było naprawdę - nie wiadomo...
Seweryn Krzyżanowski nie lubił się nikomu zwierzać - co zresztą uznano za jego główną zaletę przy werbowaniu go do pracy konspiracyjnej w Narodowym Towarzystwie Patriotycznym, tajnej organizacji założonej i kierowanej przez Waleriana Łukasińskiego, również oficera.
Od jesieni 1822 roku, to znaczy od momentu aresztowania Łukasińskiego przez Rosjan (w wyniku procesu został zdegradowany i był więziony aż do śmierci w 1868 roku) - Seweryn Krzyżanowski został faktycznie przywódcą Narodowego Towarzystwa Patriotycznego. Był działaczem umiarkowanym, a poza tym brakowało mu energii poprzednika, toteż wraz z księciem Antonim Jabłonowskim koncentrował się właściwie głównie na poszukiwaniu sojuszników wśród demokratów rosyjskich ze Związku (Towarzystwa) Południowego, którzy wkrótce mieli przejść do historii jako dekabryści.
Właśnie po stłumieniu powstania dekabrystów w 1825 roku carska policja wpadła na trop powiązań rosyjskich demokratów z polskimi spiskowcami, toteż na tych ostatnich posypały się represje. Książę Antoni Jabłonowski, aresztowany w Kijowie w lutym 1826 roku, złożył obszerne zeznania, w których ujawnił wiele nazwisk polskich konspiratorów, w tym i Seweryna Krzyżanowskiego. Jabłonowski uzyskał w związku z tym wyjątkowe złagodzenie kary, spędził tylko parę lat na zesłaniu, ale po powrocie do kraju żył przez ćwierć wieku w klimacie powszechnego potępienia.
Seweryn Krzyżanowski i 127 innych polskich działaczy niepodległościowych stanęło w 1827 roku przed sądem, przy czym sprawę samego Seweryna Krzyżanowskiego i 7 jego najbliższych współpracowników zakwalifikowano jako zdradę stanu, toteż postawiono ich przed tzw. sądem sejmowym.
Nawiasem mówiąc, pracami tzw. nadzwyczajnej komisji śledczej w sprawie Krzyżanowskiego kierował generał brygady Maurycy Hauke - ówczesny senator i zastępca ministra wojny podległego Rosji Królestwa Polskiego, wcześniej żołnierz Tadeusza Kościuszki i Henryka Dąbrowskiego. W drugim dniu Powstania Listopadowego Hauke miał być rozstrzelany przez podchorążych za odmowę przyłączenia się do nich. Tak przynajmniej głosiła wersja oficjalna, rozpowszechniana przez władze carskie, które kreowały w ten sposób wizerunki sławnych Polaków, którzy w czasie Powstania Listopadowego opowiedzieli się po stronie caratu. Wśród historyków dominuje raczej pogląd, że hrabia Hauke zginął przypadkiem od zabłąkanej kuli - i to rosyjskiej.
Tak się złożyło, że potomkowie generała Haukego zostali członkami dynastii koburskiej, panującej na przykład w Wielkiej Brytanii (w 1917 roku nazwę dynastii zmieniono na windsorską). Stało się tak za sprawą córki generała - Julii, która została żoną księcia Aleksandra Heskiego, brata rosyjskiej carycy Marii. W Hesji Julia otrzymała tytuł księżnej Battenberg, a pięcioro jej potomków znalazło się na różnych europejskich tronach. I tak, jej syn Aleksander został carem Bułgarii (Aleksander I Battenberg), a drugi - mężem wnuczki brytyjskiej królowej Wiktorii. To właśnie z tej ostatniej linii wywodzi się Filip książę Edynburga, małżonek królowej brytyjskiej Elżbiety II.
Seweryn Krzyżanowski został - w wyniku rozprawy przed sądem sejmowym - uniewinniony od zarzutu zdrady stanu, toteż skazano go tylko na trzy lata więzienia: za przynależność do tajnej organizacji. Car Mikołaj I, którego nie bez racji nazywano „kapralem na tronie”, był wprawdzie tym wyrokiem zdenerwowany, ale go zatwierdził, gdyż zabiegał akurat o polską koronę (dopiął tego w maju 1829 roku, ale już na początku 1831 roku został zdetronizowany przez sejm powstańczy).
O sprawie Krzyżanowskiego car Mikołaj I przypomniał sobie widocznie po upadku Powstania Listopadowego, kiedy to skazaniec kończył odbywanie kary i miał wyjść na wolność. Na osobiste polecenie monarchy Seweryn Krzyżanowski został ponownie aresztowany i osądzony, tym razem pospiesznie, gdyż jako urodzony na Ukrainie - został uznany za tzw. naturalnego poddanego rosyjskiego imperium. Wyrok był bezwzględny: bezterminowe zesłanie w głąb syberyjskiej tajgi.
Tak to Krzyżanowski stał się jednym z wielu katorżników osiedlonych w miejscowości Berezowo w dorzeczu rzeki Irtysz, wśród bezkresnych bagien.
Już po kilku latach pobytu w Berezowie - katorżnik ciężko zachorował. Najpierw stracił władzę w nogach, potem załamał się psychicznie, a wreszcie wychudł straszliwie. Jego towarzysze niedoli zabiegali usilnie o pozwolenie władz na przewiezienie zesłańca do lekarza w miejscowości Iszym. Po długich wyczekiwaniach zgoda taka wreszcie nadeszła, więc wynajęto podwodę i przewieziono chorego do miejscowości Iszym, do której było kilkadziesiąt kilometrów. Tam ponoć lekarz orzekł, że on już nic pomóc nie może, ale jest w Tobolsku specjalista, który w takich sytuacjach czyni cuda. W tej sytuacji powieziono więc ponoć Krzyżanowskiego do Tobolska.
Ale to są wszystko przypuszczenia lub ustalenia oparte na opowieściach innych ludzi. Jak to było w rzeczywistości - nie wiadomo. W księdze zesłańców we wsi Berezowo człowiek odpowiedzialny za liczenie skazanych odnotował wszak tylko, że Seweryn Krzyżanowski zmarł 4 lipca 1839 roku, o czym miał donieść oberpolicmajster z miejscowości Iszym. Nic poza tym. Była to wszak zwyczajna śmierć zesłańca - rzecz na Syberii codzienna...